1. Может быть страницы были доступны ранее (или есть в sitemap, если она к примеру не обновлялась). Он также будет ходить по всем страницам сайта и искать, если они есть. В том числе запрещенные, так как сначала он обходит, а после кидает по группам(индекст и бла бла) и статусам

2. В целом дал ответ уже. Сейчас она может имеет другой адрес или удалена, или еще что-то (редирект к примеру).
3. В целом никак, но общее соотношение "загружено и участвует в поиске" должно быть примерно на одинаковом уровне, а не 1000 урл вы отправили поисковику, а 6 участвует в поиске.

Цитата
SEO Лаборант пишет: с 404 ошибкой оказывает негативное влияние на ранжирование?

да с чего оно должно давать негативное влияние? 404 для того и существуют. у вас же страницы не с контентом приносящие траф стали отдавать 404, а тех что нет или каким-то образом сгенерировались движком

SEO Лаборант, есть у меня такие страницы, причем косяк движка, хз как, но иногда появляются страницы, по типу site.ru/>, site.ru/%324, и некоторые вообще отдают код 200. те, что отдают 404 да и бог с ними, в выдачу то они не попадут, это же не пустая страница с кодом 200. ну а так попытайтесь найти причину их появления, если новые не появляются то и забейте. бывает вообще так, что эти страницы могли ввести, например, в яндекс браузере, после чего яндекс узнает о них, а так как данной странице нет, то и код будет 404

Сама по себе ошибка 404 не влияет на ранжирование никак, однако если ваша страница отдает иной статус ответа сервера (например 200, например 401 или 410 - это все примеры), то это будет пагубно для вас потом. А пока вашу удаленную страницу просканировал поисковик и понял, что она исчезла.

Да можно говорить что теряется ценность сайта, так как ранее получаемая страница (которая если имела трафик) теперь недоступна, но в целом специально для этого придумали 404 ошибку и 301 редирект.

Если у вас есть возможность восстановить эти страницы (если они ранее были), которые сейчас 404, это даст вам плюс в ранжировании, но не большой, это учитывает только GOOGLE определяя ценность контента.

Также если будете восстанавливать, то желательно те, которые имеют смысл и только с тематическим контентом. Или перенаправления с них на тематические страницы, тогда и позиции будут норм и все ок. Если вы так хотите окончательно убить все эти ошибки 404, делается просто отдаете своему сайту по данным страницам статус 410 (как я говорил пример, и это пагубно), тогда поисковый бот раз и навсегда забивает на эту страницу и не обращается к ней.

Цитата
SEO Лаборант пишет: эти страницы удалены так как товара нет в наличии.

Вообще такие страницы не стоит удалять, там можно дать пользователю похожий товар, еще какую информацию. Но не удалять это точно

Спасибо всем огромное за помощь и советы. Сапорт Яндекса так же посоветовал скрыть такие страницы