У меня на сайте точно также. Есть ссылки со статьи, есть с хлебных крошек, есть с сайдбара, где вывожу популярное, есть еще с блока "Похожие статьи". Так что даже не 2, а и все 4 ссылки бывает. Ничего плохого не вижу в такой перелинковке, а если посетители еще и часто переходит по ссылке по теме, то это даже лучше. Мое мнение.
п.с. здесь же создавала похожую тему, форумчане ответили что такая перелинковка не должна вредить сайту.