Да у меня и ссылающиеся сайты прыгают в этом Яндекс. Каждый день набор меняется. Я помню даже в поддержку Яндекса по этому поводу писал. Была ссылка с каталога одного, а затем исчезла. Платон как всегда отписался по шаблону. Но я его прижал тем, что страница с ссылкой на мой сайт в ихнем индексе висит. В итоге ссылку вернули. Вообще по ссылкам можно в поддержку Яндекс писать, если ссылающаяся страница есть в индексе и в поиске выдается.
Но если делать прогон по каталогам, авто прогон, или везде использовать одно название сайта и одно описание, то произойдет склеивание ссылок. Короче сто абсолютно одинаковых ссылок в один момент превратятся в одну. Может ссылки склеялись у вас.