паниковать рановато, но вообще любое изменение структуры это как грубое хирургическое вмешательство. Вот представьте человеку печень и селезенку местами поменять, как думаете сколько в больнице проваляться придется и что в организме из-за этой перемены может измениться?
Ну или вот к примеру, жили вы в одном городе, и вдруг взяли и переехали в другой город, как скоро вы на новом месте освоитесь? Ваши связи на прежнем месте будут вас назад тянуть, вам без старых друзей, без старых наработок и пр. будет не шибко хорошо ведь тоже.
Смысл-это информация заключенная в структуру. Меняется структура-меняется смысл контента. В данном случае изменился смысл в части ценности всего контента форума относительно сайта. Если с форума были ссылки на сайт, нужно все их восстановить с новыми урлами. Но даже если не было ссылок, то считай все имеющиеся ссылки вы разорвали для тех, кто переходил на ваш форум вот так forum/site.ru/ ведь ссылка стала другая теперьhttp://site.ru/forum/ и наоборот. Да, она ведет туда же, но это другая ссылка и разница примерно такая же, как кто теперь из партнеров в сексе активный а кто пассивный . Как ПС должна интерпретировать такую смену? Правильно, как революцию, как кардинальную смену взаимоотношений между контентом форума и контентом сайта. Т.е. вы это изменили в глазах ПС, другими словами, изменился смысл всего контента в целом с изменением структуры.

Весь накопленный траст при таких переездах убивается. ПС хранит в своих базах старую структуру (в зависимости от траста) очень долго, естественно считает новый контент на поддомене аффилиатом или плагиатом. Переезжать следует постепенно...а вы еще и контент убили...это уже не бархатная революция и не перевыборы мирным путем...это кровавая смена власти. Старый контент, даже если он плохой, убивать нужно ПОТОМ и постепенно после переезда.
Вот я, к примеру, на своем оффшорном сайте изменил контент морды, добавил новые ссылки, я тоже изменил смысл контента. Хоть и не кардинально, но из за этого изменения сайт в целом поменял позиционирование в сторону коммерции. Это обязательно скажется на позициях в худшую сторону, пока новое позиционирование не станет восприниматься ПС как более релевантное основному запросу. Те позиции, которые я получил касаются вполне конкретного позиционирования, соответствующего вполне конкретному набору поисковых, в основном не коммерческих поисковых целей. Изменение позиционирования в пользу коммерческих целей снизит ценность контента для информационных поисковых целей и сайт лишится бонусов за их реализацию....пока набор ПФ не укажет на то, что юзверь не потерял в них, а только приобрел новые возможности: реализацию доп. коммерческих интентов.
Как яндекс оценивает весь этот комплекс я уже рассказывал. Он сравнивает имеющуюся на сайте модель удовлетворения интентов с эталонным графом.

а чо так и есть если по простому.
Хотите услышать сложный ответ?
Давно замечено что реструктуризация любого рода негативно сказывается на позициях сайта, будь то смена движка или перестановка контента, изменение внутренней линковки. Все это меняет СМЫСЛ, который и анализирует ПС, представляя его как некоторую структуру из взаимоотношений ключей, сравнивая ее с эталонной, при этом стремящаяся дать шанс на ошибку, чтобы смягчить последствия (оттого и хранит прежнюю структуру в своей базе), а вдруг изменения вызваны каким то временным кризисом, который скоро пройдет? нужно заранее заложить в алгоритм гистерезис. Оттого и сроки нормализации после подобных изменений довольно большие.
К примеру, вот я склеил древние домены с оффшорным народным, так ПС до сих пор считает, что рушные склеенные домены имеют право на отдельное существование и клеить полностью ну никак их не хочет. В итоге аффилат и низкий КПД при склейке.

Цитата
levsha instruments пишет: любое изменение структуры это как грубое хирургическое вмешательство

В гоше высокочастотник слетел с ТОП 2 в ТОП 4...
То ли ещё будет...

Цитата
felis_serval пишет: Но, поддомен сайта это отдельный сайт, или я не права?

Вы ошибаетесь! Потому как Яндекс все поддомены считает как часть основного домена, если домен или поддомен не присутствует в ЯК или не является бесплатным хостингом.
В качестве доказательств:
в выдаче по запросам присутствует либо сам домен, либо его поддомен, но никак ни домен вместе с поддоменом.

Цитата
Новичок пишет: ну может это конкуренты поднялись,все имеют право на топ

У меня монстры, а не конкуренты...
С трафом под полляма и сроком жизни сайтов в 10 лет... Любая слабость - прощай, ТОП

Закрыла от индексации форум - ТОП 2 снова мой )
Как всё тонко...