Цитата
Славик пишет: Не думал, что столкнусь с этим, так как сайты все с уникальным контентом

А кто вам сказал, что агс не коснется сайта если там уник контент? Есть миллион других причин, за которые могут наказать.

Цитата
salrimta пишет:: Есть миллион других причин, за которые могут наказать.

Есть еще и миллион непричин, из-которых бывает АГС, и эти непричины даже в Яндексе не знают - они говорят, что роботу виднее 

Цитата
Владимир пишет: у меня похожая ситуация, только вместе с главной оставил в выдаче пару тройку разделов, а страницы со статьями ушли в небытие....

У меня так же начиналось, сначала были только главная и разделы, а потом и разделы ушли, осталась только главная

Уник контент - Ровная индексация? Ссылки не продаю - Ровная индексация? 

Когда уже люди поймут, что продавайте хоть ссылки, хоть статьи, главное чтобы они полезными были. 
Пишите хоть уник хоть не уник, главное чтобы сайт полезный был, и продвигаемые страницы не были с копипастом. 
Заливайте на сайт вообще что угодно, главное чтобы сайт был нормально оптимизированный для присутствия в поисковой системе. 

Ну причина явно в сайте, а не в Яндексе
Так что откройте нам сайт целиком.