Забыл, некоторые страницы были в поиске, их панель тоже отображала. В один день их выкинуло, так как внутренние ссылки на эти страницы были с сайта убраны, обратно ссылки вернул. Так вот, анализируя позиции сайта по запросам этих страниц, увидел, что они в топе. Проверил в поиске через окно в режиме инкогнито, в котором регион, выставленный в ручную в Яндексе, не соответствует региону сайта, и да, действительно страница в поиске, но потом посмотрел через окно, в котором регион сайта соответствует региону, который я выставил в ручную, страницу не увидел, увидел лишь главную.

В последнее время стал замечать, что если в поиске не в окне инкогнито вводишь запрос, связанный с сайтом, то его Яндекс ставит на первое место. Поэтому, чтобы четко отследить позиции я пользуюсь окном инкогнито браузера Chrome.

Бывает еще, что если через Метрику кликнуть на поисковый запрос, через которой посетитель зашел на сайт, допустим Метрика говорит, что сайт был на первой странице, то сайта на той странице я не вижу.