Здравствуйте.

По умолчанию, сайт можно отнести вручную к одному региону через Яндекс.Вебмастер, но если на сайте будет явно указана информация о том, что компания предлагает свои услуги ещё и в других городах и будут "местные" ссылки, то Яндекс автоматически придаст ему и второй регион. Обычно это "Россия". Но здесь как повезёт.

Чтобы добавить другие регионы, в Яндекс.Помощи описана такая возможность. Для этого нужно добавить сайт в Яндекс.Каталог. Тогда появится возможность добавления сайта до 11 регионов (если память не изменяет).

Третий вариант - делать поддомены для нужных регионов, но стараться сделать так, чтобы сайт был "сквозным" и продвигать поддомены. Да, это несколько затратнее, за то не надо ждать решения о добавления в Яндекс.Каталог (не учитывая платный) и гадать когда присвоят новый регион в автомате.

Об остальных способах рассказывать не стоит, так как будут являться чёрным/серым SEO.