Дело в том, что популярность Яндекса в России выше чем Google. 
Так-же, влияет и тематика сайта, популярность той или иной тематике в Google и Yandex - Различается порой существенно. 
Возможно Ваш сайт именно таким и является. 

Лучший способ это проверить:
1.) Пойти проанализировать похожие сайты.
2.) Проанализировать позиции сайта по популярным ключевым словам. 
Отобрав наиболее плодотворные фразы, сравните их позиции в Google и Yandex. 
Скорее всего, позиции Вашего сайта различаются там и там. 
В таком случае, продвигайте и оптимизируйте свой сайт под Google. 

Купите ссылок, расширьте кол-во контента и вид информации. 

После чего, Вы узнаете в чем причина такого отличия. 

P.s 50\50 - Не будет ни когда.