Стоит сделать:


0. Проверьте тщательно машины, с которых подсоединяетесь к хостингу, хорошим анивирусником
1. Очистите все пароли в ftp менеджерах.
2. Поменяйте все пароли, и больше их в менеджерах не прописывайте - вводите каждый раз.
3. Удалите вредную папку.
4. Проверьте все новые файлы (по дате создания/изменения на предмет соответствия эталонным в движке)
5. Особенно проверьте js скрипты.
6. неплохо бы проверить сайт на хостинге с помощью айболита:

revisium.com/kb/scan_site_windows.html
revisium.com/kb/virusonsite.html