demadema, Он обычно маскируется в файлах изображения, если вы видите его, не достаточно просто удалить его.  С таким же успехом он мог внедриться не только в шаблон, а и в любое другое место. 
Для его поиска и удаления его используйте специальный для этого написаныый скрипт github.com/fox-it/cryptophp/tree/master/scrip­ts