Попробовать, конечно, можно... но лучше узнать причину этого трабла. Ведь ничто не происходит просто так. Вот я и ищу человека, который поможет понять, в чем именно проблема.

Проблема решена. Публикую выжимку из нашей переписки с юзером по имени Кононов Сергей, который помог нужным советом (теперь он, наверное, пьет пиво с рыбкой).
Кононов Сергей: HTTP/1.1 302 Found
Server: nginx/0.8.55
Date: Thu, 23 Aug 2012 15:15:30 GMT
Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1
Connection: keep-alive
Location: http://updaters/tds/go.php?sid=1
Content-Length: 291

Т.е. временное перенаправление - такие страницы не индексируются. Должен быть редирект 301. Данный ответ выдан для робота
Я: А где именно этот редирект прописался? По-сути, вообще никаких редиректов не должно быть?
Кононов Сергей: прописан либо официально в настроечных (конфигурационных) файлах или в php-кодах, либо внедрен в код с целью завалить сайт. А 301 редирект совсем не прописан - склеятся домены.
Я: Чтобы найти этот редирект, придется, видимо, перелопачивать всё, что можно и нельзя? Даже не представляю, как его отыскать теперь...
Кононов Сергей: Просмотреть нужно: конфиги, программные и скриптовые файлы, шаблоны.
Редирект 301 нужен, т.к. для поисковиков адреса с даби и без оного - это совершенно 2 разных сайта. Таким образом, все показатели сайта (внешние ссылки, проиндексированные страницы и т.п.) делятся между ними (в зависимости от того, какой адрес определенной страницы проиндексировался раньше). 

Я: Нашли мы эту бяку. Оказалась в файле .htaccess. Теперь яндекс принимает сайт. Спасибо вам за совет. Киньте мне кошелек WMR в личку, я вам отправлю на пивко, как и обещал. ))
Кононов Сергей: Отлично.
Но редирект все-таки сделайте. Когда возникнет склейка, то исправление займет 2-6 месяцев (пока яндекс переиндексирует все).
Имеется в виду, что сайты http:// mysite.ru/ и http://www. mysite.ru/ будут признаны зеркалами и, соответственно пессимизированы, т.к. в глазах поисковика - это разные сайты. Более того, если не обрабатывается автоматически слеш в конце адреса, то возникает уже 4 сайта:
http:// mysite .ru/
http:// mysite .ru
http://www. mysite .ru/
http://www. mysite .ru
Замените карту в левой колонке (должен быть формат .html).
А в роботс.тхт прописана карта в формате .xls (это правильно). Т.е. в корне сайта на хостинге должны лежать 2 файла с картами - одна карта для роботов, а другая - для пользователей.
Приятно иметь с Вами дело. Обращайтесь. Профессионально занимаюсь SEO и копирайтингом.
Я: Имеет ли это смысл, если в роботсе уже прописано основное зеркало?
Host: mysite .ru
По поводу html карты. Я ее не ставлю специально. Для юзеров есть меню. А поисковик может её принять за линкопомойку.
Кононов Сергей: В роботс директива воспринимается только яндексом, для гугла она - до лампочки. И яндекс без редиректа ее игнорирует, т.к. робот находит каждую страницу по двум адресам и включает в индекс обе. Кроме того, в панелях вебмастера и гугла и яндекса необходимо также
указать главное зеркало (или с даби или без)

Цитата
"А поисковик может её принять за линкопомойку" - это не так.

Поисковик воспринимает наличие карты для пользователей, как дополнительное удобство и она уже давно стала важным элементом юзабилити

PS: спасибо Сергею за рекомендации. Возможно, они окажутся ценными для пользователей СУПР.

Вообщем была такая же проблема, отредактировал файл .htaccess и все заработало
кому может пригодится, рабочий файл выглядит так:
DirectoryIndex index.php

RewriteEngine On

# Редиректы
RewriteRule ^page/(.*)$ index.php?cstart=$1 [L]

# Сам пост
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})/page,([0-9]+),([0-9]+),(.*).html(/?)+$ index.php?subaction=showfull&year=$1&month=$2&day=$3&news_page=$4&cstart=$5&news_name=$6 [L]
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})/page,([0-9]+),(.*).html(/?)+$ index.php?subaction=showfull&year=$1&month=$2&day=$3&news_page=$4&news_name=$5 [L]
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})/print:page,([0-9]+),(.*).html(/?)+$ engine/print.php?subaction=showfull&year=$1&month=$2&day=$3&news_page=$4&news_name=$5 [L]
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})/(.*).html(/?)+$ index.php?subaction=showfull&year=$1&month=$2&day=$3&news_name=$4 [L]

RewriteRule ^([^.]+)/page,([0-9]+),([0-9]+),([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ index.php?newsid=$4&news_page=$2&cstart=$3 [L]
RewriteRule ^([^.]+)/page,([0-9]+),([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ index.php?newsid=$3&news_page=$2 [L]
RewriteRule ^([^.]+)/print:page,([0-9]+),([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ engine/print.php?news_page=$2&newsid=$3 [L]
RewriteRule ^([^.]+)/([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ index.php?newsid=$2 [L]

RewriteRule ^page,([0-9]+),([0-9]+),([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ index.php?newsid=$3&news_page=$1&cstart=$2 [L]
RewriteRule ^page,([0-9]+),([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ index.php?newsid=$2&news_page=$1 [L]
RewriteRule ^print:page,([0-9]+),([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ engine/print.php?news_page=$1&newsid=$2 [L]
RewriteRule ^([0-9]+)-(.*).html(/?)+$ index.php?newsid=$1 [L]

# За день
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})(/?)+$ index.php?year=$1&month=$2&day=$3 [L]
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/([0-9]{2})/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?year=$1&month=$2&day=$3&cstart=$4 [L]
# За весь месяц
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})(/?)+$ index.php?year=$1&month=$2 [L]
RewriteRule ^([0-9]{4})/([0-9]{2})/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?year=$1&month=$2&cstart=$3 [L]
# Вывод за весь год
RewriteRule ^([0-9]{4})(/?)+$ index.php?year=$1 [L]
RewriteRule ^([0-9]{4})/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?year=$1&cstart=$2 [L]
# вывод отдельному тегу
RewriteRule ^tags/([^/]*)(/?)+$ index.php?do=tags&tag=$1 [L]
RewriteRule ^tags/([^/]*)/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?do=tags&tag=$1&cstart=$2 [L]
# вывод для отдельного юзера
RewriteRule ^user/([^/]*)/rss.xml$ engine/rss.php?subaction=allnews&user=$1 [L]
RewriteRule ^user/([^/]*)(/?)+$ index.php?subaction=userinfo&user=$1 [L]
RewriteRule ^user/([^/]*)/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?subaction=userinfo&user=$1&cstart=$2 [L]
RewriteRule ^user/([^/]*)/news(/?)+$ index.php?subaction=allnews&user=$1 [L]
RewriteRule ^user/([^/]*)/news/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?subaction=allnews&user=$1&cstart=$2 [L]
RewriteRule ^user/([^/]*)/news/rss.xml(/?)+$ engine/rss.php?subaction=allnews&user=$1 [L]
# вывод всех последних новостей
RewriteRule ^lastnews/(/?)+$ index.php?do=lastnews [L]
RewriteRule ^lastnews/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?do=lastnews&cstart=$1 [L]
# вывод в виде каталога
RewriteRule ^catalog/([^/]*)/rss.xml$ engine/rss.php?catalog=$1 [L]
RewriteRule ^catalog/([^/]*)(/?)+$ index.php?catalog=$1 [L]
RewriteRule ^catalog/([^/]*)/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?catalog=$1&cstart=$2 [L]
# вывод непрочитанных статей
RewriteRule ^newposts(/?)+$ index.php?subaction=newposts [L]
RewriteRule ^newposts/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?subaction=newposts&cstart=$1 [L]
# Статистические страницы
RewriteRule ^static/(.*).html(/?)+$ index.php?do=static&page=$1 [L]
# вывод избранных статей
RewriteRule ^favorites(/?)+$ index.php?do=favorites [L]
RewriteRule ^favorites/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?do=favorites&cstart=$1 [L]

RewriteRule ^rules.html$ index.php?do=rules [L]
RewriteRule ^statistics.html$ index.php?do=stats [L]
RewriteRule ^addnews.html$ index.php?do=addnews [L]
RewriteRule ^rss.xml$ engine/rss.php [L]
RewriteRule ^sitemap.xml$ uploads/sitemap.xml [L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^([^.]+)/page/([0-9]+)(/?)+$ index.php?do=cat&category=$1&cstart=$2 [L]
RewriteRule ^([^.]+)/?$ index.php?do=cat&category=$1 [L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^.]+)/rss.xml$ engine/rss.php?do=cat&category=$1 [L]
RewriteRule ^page,([0-9]+),([^/]+).html$ index.php?do=static&page=$2&news_page=$1 [L]
RewriteRule ^print:([^/]+).html$ engine/print.php?do=static&page=$1 [L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^([^/]+).html$ index.php?do=static&page=$1 [L]

Здравствуйте.
У меня возникла похожая проблема с индексацией страниц сайта в яндексе.
Заметила, что резко было удалено из индекса почти 20 страниц. Решила проверить, добавить ссылки вручную и получила в ответ такую ошибку:  Для заданной страницы (или страницы, полученной после перенаправления) сервер возвращает код статуса http 404 (ожидался код 200).
Почитала ваши решения данной проблемы, но у меня немного другая ситуация.
Сайт нормально индексировался до вчерашнего дня. Редирект настроен. Сайт состоит как бы из двух и второй по-прежнему отлично индексируется. Меня часто пытаются взломать. Постоянно проверяю сайт на вредоносные коды, но сканеры ничего подозрительного не находят.
Какие ещё могут быть проблемы, что сайт индексировался и вдург такая ошибка?

Очень надеюсь на ответ.

Тему можно закрыть. А то уже спамить начали.